Hay
por lo menos dos formas de clasificar las metafitas:
- Una forma de clasificarlas es por el modo de realizar sus funciones de transporte, y en ese caso de dividen en cormofitas si tienen tejidos conductores desarrollados, como las pteridofitas o helechos y equisetos, las gimnospermas o coníferas y las angiospermas o plantas con flores. Las otras, si sólo tienen rudimentos de tejidos conductores, se llaman protocormofitas.
- Otra forma de clasificarlas es según el tipo de órganos reproductores que posean. Así, hay metafitas que poseen flores y semillas, y en ese caso se llaman fanerógamas o espermafitas, y hay otras metafitas que no poseen flores, y reciben el nombre de criptógamas o arquegoniadas.
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